Skupina dlouhodobě spolupracuje s řadou akademických pracovišť i firem na studiu mnoha různých typů vzorků, často obtížně pozorovatelných pomocí klasické rastrovací elektronové mikroskopie.
Na základě spolupráce s průmyslovými partnery byla např. studována povrchová struktura solárních článků s cílem podrobně mapovat vliv laserových obráběcích procesů na vlastnosti těchto článků. Byla také provedena rozsáhlá mikroskopická studie vlivu chemicky agresivních látek na různé materiály (keramiky, pryže, a kovy), hodnoceny důsledky jejich působení na vznik koroze a změnu jejich mechanických vlastností. Intenzivně byly studovány také vlivy chemických látek na povrchovou strukturu elektrochemických senzorů a bio-senzorů s deponovanou borem dopovanou DLC vrstvou.
V rámci dlouhodobé spolupráce s lékařským zařízením byla provedena rozsáhlá studie vlivu různých speciálních technik pro odstraňování zubního kamene, která mapovala techniky z hlediska jejich vhodnosti, účinnosti a efektivita v poměru s náklady na jejich pořízení do stomatologických ordinací. Téměř rok se skupina zabývala vývojem metody a pozorováním biologických tkání fosilií hmyzu v jantaru. Intenzivně se věnujeme také studiu stavebních hmot pozorovaných ve vlhkém i vysušeném stavu, studiu povrchu plastů a nanovláken, to vše pomocí speciálně vyvinutých nebo pro konkrétní potřebu modifikovaných detektorů signálních elektronů v EREM.