Variabilita prostředí, v němž mohou být vzorky v našem EREM pozorovány, a schopnost toto prostředí kontrolovaně měnit umožňuje pozorovat biologické vzorky převážně v nativním stavu, případně s jen minimálním množstvím úprav. Na základě spolupráce s Mendlovou univerzitou má skupina velké zkušenosti s rostlinnými vzorky, především s přímým studium nativní struktury extracelulární matrix u raných somatických embryí konifer.
Skupina se také zabývala studiem lidských embryonálních kmenových buněk a dalších tkáňových vzorků. Ve spolupráci s parazitology z Masarykovy univerzity jsou studovány různé druhy parazitů, jako jsou hlístice, tasemnice a molice. Pomocí speciálních držáků vzorku, vlastního systému chlazení vzorku, hydratačního systému a speciálními detektory jsme schopni pozorovat vzorky šetrněji, dlouhodoběji a bez většího poškození.